几乎完全一样 的界面和测试项目（包括 4K 随机读写、多队列深度测试）。一个基于 fio 的图形界面程序。 安装方法： sudo add-apt-repository ppa:guilherme-p/kdiskmark sudo apt update sudo apt install kdiskmark 特点： 界面几乎复刻了 CrystalDis…

【Linux神器】Grub Customizer：图形化管理启动项，拯救你的 GRUB 菜单强迫症 前言 折腾 Linux 双系统时，最让人头大的往往不是系统本身，而是开机那个黑乎乎的 GRUB 引导菜单。 刚装完 Ubuntu 和 Windows 双系统后，我的启动菜单乱七八糟： 不仅有 Ubuntu 和 Windows； 还有一堆 Advanc…

你的安装失败是因为 Linux 系统中缺少底层的字体配置开发库。 这是 R 在 Linux 上安装包含 C/C++ 代码的包（如 systemfonts, textshaping）时常见的问题。错误日志中明确指出了原因： fatal error: fontconfig/fontconfig.h: 没有那个文件或目录 以及： Configuratio…

实验背景 在进行 GATK HaplotypeCaller 变异检测时，对不同的内存配置和并行任务数进行了性能测试。本次实验基于一批全基因组测序数据的处理，旨在找到最优的资源分配策略。 gatk-4.6.2.0 实验配置 -------------------- A Bench.sh Script By Teddysun -------------…

这篇文章受密码保护，输入密码才能阅读

转载自https://mp.weixin.qq.com/s/lRePO9U2c8rbsbXw4OUzWg 点击蓝字，关注我们 改变种群基因频率的力量是生物演化背后的驱动机制。有四种“演化力量”可以引起种群等位基因频率发生变化，包括突变、基因流、遗传漂变和自然选择。突变会导致生物基因组中核苷酸序列发生变化并产生新的基因型，为其它演化力量发挥作用提供了…

引言 同一物种的基因组通常包含核心保守组分，以及个体或群体间存在差异的遗传物质集合——即“泛基因组（pangenome）”，简单的线性泛基因组（linear pan-genome）无法直观地描述同一物种个体基因组之间的变异，因此发展了基于图的泛基因组（graph-based pan-genome），图泛基因组以节点和路径的形式存储序列和结构变异信息…

转载自微信公众号 数信院 原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/drzZIm5sXQh058t42I03UA 重测序 核心概念： 重测序是指对一个已知参考基因组的物种的多个个体进行基因组测序。 它的目标不是从头组装一个全新的基因组，而是将测序得到的短序列片段（reads）比对（Align） 到已有的高质量参考基因组上。 通…

1、正常运行 GenotypeGVCFs #!/bin/bash # 设置combined_gvcf文件路径（来自上一步的输出） combined_gvcf_path="/public1/guop/mawx/workspace/wild_snpcalling/4.gatk_gvcf/combined_raw.gvcf" # 定义参考基因组文件 re…

STEP1 主要使用到的代码分两部分，第一步脚本为shell脚本：Population_freq.sh ，可计算不同群体的等位基因频率，并生成单独文件。 需要准备的文件有两个，vcf文件以及群体分群文件 vcf_file="186_filtered.LD.pruned.noContig.recode.vcf"pop_file="186sample.…