将NCBI上下载的SRA文件转为FASTQ格式 Shell脚本：

#!/bin/bash

# 设置输出目录
output_dir="fastq/"

# 遍历当前文件夹下的所有SRA文件
for sra_file in *.sra
do
  # 检查是否有SRA文件存在
  if [ -e "$sra_file" ]; then
    # 使用fasterq-dump将SRA文件转换为FASTQ，并将结果保存到输出目录
    fasterq-dump --split-3 "$sra_file" -e 64 -O "$output_dir" -p
    
    # 打印转换完成的信息
    echo "已将 $sra_file 转换为两个FASTQ文件"
  fi
done

echo "批量转换完成！"

将上述脚本复制并保存为一个Shell脚本文件（例如，convert_sra_to_fastq.sh）。然后，将该脚本文件放在包含SRA文件的文件夹中，并在终端中运行脚本：

chmod +x convert_sra_to_fastq.sh  # 授权脚本执行权限
./convert_sra_to_fastq.sh  # 运行脚本

这个脚本将每个SRA文件转换为两个FASTQ文件，一个包含第一端序列，另一个包含第二端序列，并将它们保存在指定的”fastq/”目录中