1、正常运行 GenotypeGVCFs #!/bin/bash # 设置combined_gvcf文件路径（来自上一步的输出） combined_gvcf_path="/public1/guop/mawx/workspace/wild_snpcalling/4.gatk_gvcf/combined_raw.gvcf" # 定义参考基因组文件 re…
STEP1 主要使用到的代码分两部分，第一步脚本为shell脚本：Population_freq.sh ，可计算不同群体的等位基因频率，并生成单独文件。 需要准备的文件有两个，vcf文件以及群体分群文件 vcf_file="186_filtered.LD.pruned.noContig.recode.vcf"pop_file="186sample.…
2024年2月25日 Step0_Annovar_install ## annovar官方网站的的下载需要使用邮箱注册后才可下载 # http://download.openbioinformatics.org/annovar_download_form.php ## annovar 安装 cd /public1/guop/mawx/softwar…
假设你有一个文本文件your_data.txt，其内容如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 你可以使用以下awk命令将其行列转置： awk ' { for (i = 1; i <= NF; i++) { a[NR, i] = $i } } NF > p { p = NF } END { for (j = 1; j <= p…
Introduction Assumptions Data & packages Analysis Conclusions Contributors References Session Information Introduction The purpose of this vignette is to illustrate the us…
Editor: Helene Wagner (University of Toronto) 2022-04-03 14.1 Worked Example Brenna R. Forester 1. Overview of Worked Example a. Goals This worked example will illustrate…
转载收藏自简书 2023-06-15基因流及其推断 AsuraPrince 1. 基因流(gene flow)/杂交(hybridization)/渐渗(introgressive) 基因流，杂交和渐渗通常一起讨论，有些情况下甚至三者在说同一件事。从定义判断，基因流通常发生在种内群体间，杂交则是发生在种间，渐渗是指杂交加回交产生的一种现象。 可以这…
转载自CSDN “压缩解压工具gzip、pigz、gtz大比较” 刘永鑫Adam于 2018-08-25 15:51:27 发布 软件测试于Ubuntu 16.04LTS ubuntu环境下默认~/bin为个人环境变量目录 比较Linux系统自带gzip工具、多线gz压缩工具pigz、以及最新适合fastq压缩又快又小的软件GTX(自称只有传统gz…
将NCBI上下载的SRA文件转为FASTQ格式 Shell脚本： #!/bin/bash # 设置输出目录 output_dir="fastq/" # 遍历当前文件夹下的所有SRA文件 for sra_file in *.sra do # 检查是否有SRA文件存在 if [ -e "$sra_file" ]; then # 使用faster…