1、正常运行 GenotypeGVCFs #!/bin/bash # 设置combined_gvcf文件路径（来自上一步的输出） combined_gvcf_path="/public1/guop/mawx/workspace/wild_snpcalling/4.gatk_gvcf/combined_raw.gvcf" # 定义参考基因组文件 re…

STEP1 主要使用到的代码分两部分，第一步脚本为shell脚本：Population_freq.sh ，可计算不同群体的等位基因频率，并生成单独文件。 需要准备的文件有两个，vcf文件以及群体分群文件 vcf_file="186_filtered.LD.pruned.noContig.recode.vcf"pop_file="186sample.…