转载自微信公众号 数信院 原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/drzZIm5sXQh058t42I03UA 重测序 核心概念： 重测序是指对一个已知参考基因组的物种的多个个体进行基因组测序。 它的目标不是从头组装一个全新的基因组，而是将测序得到的短序列片段（reads）比对（Align） 到已有的高质量参考基因组上。 通…
1、正常运行 GenotypeGVCFs #!/bin/bash # 设置combined_gvcf文件路径（来自上一步的输出） combined_gvcf_path="/public1/guop/mawx/workspace/wild_snpcalling/4.gatk_gvcf/combined_raw.gvcf" # 定义参考基因组文件 re…
2024年2月25日 Step0_Annovar_install ## annovar官方网站的的下载需要使用邮箱注册后才可下载 # http://download.openbioinformatics.org/annovar_download_form.php ## annovar 安装 cd /public1/guop/mawx/softwar…
假设你有一个文本文件your_data.txt，其内容如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 你可以使用以下awk命令将其行列转置： awk ' { for (i = 1; i <= NF; i++) { a[NR, i] = $i } } NF > p { p = NF } END { for (j = 1; j <= p…
Introduction Assumptions Data & packages Analysis Conclusions Contributors References Session Information Introduction The purpose of this vignette is to illustrate the us…
Editor: Helene Wagner (University of Toronto) 2022-04-03 14.1 Worked Example Brenna R. Forester 1. Overview of Worked Example a. Goals This worked example will illustrate…
转载收藏自简书 2023-06-15基因流及其推断 AsuraPrince 1. 基因流(gene flow)/杂交(hybridization)/渐渗(introgressive) 基因流，杂交和渐渗通常一起讨论，有些情况下甚至三者在说同一件事。从定义判断，基因流通常发生在种内群体间，杂交则是发生在种间，渐渗是指杂交加回交产生的一种现象。 可以这…
转载自CSDN “压缩解压工具gzip、pigz、gtz大比较” 刘永鑫Adam于 2018-08-25 15:51:27 发布 软件测试于Ubuntu 16.04LTS ubuntu环境下默认~/bin为个人环境变量目录 比较Linux系统自带gzip工具、多线gz压缩工具pigz、以及最新适合fastq压缩又快又小的软件GTX(自称只有传统gz…
将NCBI上下载的SRA文件转为FASTQ格式 Shell脚本： #!/bin/bash # 设置输出目录 output_dir="fastq/" # 遍历当前文件夹下的所有SRA文件 for sra_file in *.sra do # 检查是否有SRA文件存在 if [ -e "$sra_file" ]; then # 使用faster…
该教程转载自哔哩哔哩【如何用R绘制中国省区热力地图？hchinamap()函数(代码在简介中）】 https://www.bilibili.com/video/BV1WV4y1a7jg/?share_source=copy_web&vd_source=df8e95d642219008834a643aa21564d7 仅供个人学习 文章演示所…